Ο Ανώνυμος στην Ελληνική Νομαρχία αναφέρεται στον κλήρο και την εκκλησία στο τέταρτο βιβλίο του με τίτλο  «Οι Συνεργοί της Τυραννίας». Δε διστάζει, όταν αναφέρεται περί τυραννίας,  «…μία ανεξάρτητος και απολελυμένη αρχή ενός προς τους άλλους», να μην συμπεριλάβει απλά τους Οθωμανούς αλλά και την εκκλησία, λέγοντας «…δια μέσου της θρησκείας και των νόμων, εκτελούσι τα όσα η κακία τους τούς διδάσκει..».

Είναι φανερό ότι την εποχή εκείνη ο πληθυσμός του ελλαδικού χώρου δεν διακρίνει την εκκλησία σαν φορέα απελευθέρωσης αλλά αντίθετα σαν το «χέρι» του σουλτάνου στο ρωμαίικο πληθυσμό. Και συνεχίζει να αναφέρεται στη «…μιαρά Σύνοδο της Κωνσταντινουπόλεως…» λέγοντας ότι «Εσύ, τους πτωχούς δεν καταδέχεσι ούτε καν να τους ιδής, ουχί δε να τους βοηθήσεις. Η λύσσα σου διά τα χρήματα είναι απερίγραπτος», περιγράφοντας πλήρως το θεσμικό της ρόλο στη διατήρηση της κυριαρχίας των Οθωμανών στη βαλκανική χερσόνησο.

Σε καμιά περίπτωση αναφορά δεν γίνεται μόνο για το πατριαρχείο, αλλά συνεχίζει να κατακρίνει το σύνολο του κλήρου λέγοντας «ο νυν ελληνικός κλήρος, δια βάσιν του συστήματός του και δια γενικόν όργανον της διαγωγής του έχει μόνον τον χρυσόν…» αποκαλύπτοντας έτσι τον κυριότερο λόγο ύπαρξης του θρησκευτικού μηχανισμού καταστολής και υποδούλωσης. Καταστολής, με την απειλή του «αφορισμού» που σε άτομα με περιορισμένη πνευματική μόρφωση ισοδυναμεί με το ψεύδος της μεταθανάτιας ζωής στη κόλαση και υποδούλωσης, λόγω του ελέγχου μέσω φορολογίας και εισφορών του βιοτικού επίπεδου των ανθρώπων.

Το πατριαρχικό αξίωμα, το αγόραζε η Σύνοδος από τον Οθωμανό αντιβασιλέα έναντι ενός μεγάλου χρηματικού ποσού. Μετά το πουλούσε σε κάποιον, κερδίζοντας τη διαφορά, και τον αποκαλούσε πατριάρχη. Ο πατριάρχης για να βγάλει τα χρήματα του πίσω, πουλούσε τις επαρχίες , δηλαδή τις αρχιεπισκοπές σε όποιον έδινε περισσότερα. Οι αρχιεπίσκοποι με τη σειρά τους πουλούσαν τις επισκοπές σε επισκόπους και αυτοί στη συνέχεια «…γυμνώνουσι τον λαόν, δια να εβγάλωσι τα όσα εξώδευσαν». Οι αρχιεπίσκοποι με τα χρήματα που απομυζούσαν από τους χριστιανούς πλήρωναν τους Οθωμανούς διοικητές εξαγοράζοντας έτσι «…την άδειαν να κλέψωσιν όσα ημπορούσι».

Αυτό το σύστημα, όμως, λειτουργίας ήταν (και είναι) τόσο διεφθαρμένο και άπληστο που χρειαζόταν τρόπους εξασφάλισης περισσοτέρων εσόδων. Το κλειδί γι’ αυτό ήταν η διατήρηση της αμάθειας και της μη πνευματικής καλλιέργειας του πληθυσμού. «Η αμάθεια του λαού ακόνισεν τόσον τα αρχιερατικά σπαθία, οπού κανείς δεν τους αντιστέκεται». Έτσι αυτοί, οι παπάδες, με διαρκείς κατάρες σκέφτηκαν να εφαρμόσουν την «…πλέον διαβολική διάθεσιν φοβερωτέρας βέβαια δεν ήθελεν ημπορέσει να εφεύρη, το οποίον ονομάζουσιν αφορισμόν…».

Αφορίζοντας, λοιπόν, φτωχούς και πλούσιους, «πόνταραν» στην ουσία στη τιμή της συγχώρεσης αργότερα. Ο αφορισμός είναι το πρώτο εργαλείο επιβολής της κυριαρχίας τους, αλλά ακόμη πιο επικερδείς είναι οι αγιασμοί και τα μνημόσυνα «υποχρεώνουν όλους τους πολίτας, να τους δεχθώσιν εις τα οσπίτιά των, δια να τους ψάλωσι τον αγιασμόν, και ούτως λαμβάνουσι την πληρωμήν από πενήντα έως δέκα γρόσια το ολιγότερον». Και ικανοποιούν την αχόρταγη λύσσα τους για χρήμα ακόμα και από κληρονομιές και χαρίσματα. Οι δε κληρονομιές είναι υποχρεωτικές, αφού «Όταν απεθάνη κανένας πολίτης και το ακούση ο αρχιερεύς, είναι δια αυτόν μία ανεκδιήγητος χαρά, επειδή, δια να ημπορέσουν να τον θάψουν, πρέπει, αφού πληρώσουν τον οθωμανόν τύραννον, να πληρώσουν και τον αρχιερέα. Η ποσότης όμως είναι αόριστος, πότε δέκα χιλιάδας γρόσια, πότε πέντε, και το ολιγότερον χίλια», αλλά και τα χαρίσματα, που μόνο χαρίσματα δεν είναι, αφού είναι στην ουσία υποχρεωτικά (βίαια). «Όταν πάλιν ο πολίτης μισεύη από την πατρίδα του, πρέπει να δώση ένα χάρισμα του αρχιερέως. Όταν επιστρέφη, πάλιν του χαρίζει».

Περισσότερο απεχθέστατος αναφέρεται να είναι και ο τρόπος συλλογής χρημάτων, «ξαφρίσματος» στην καθομιλουμένη, περιφερόμενοι στα χωριά αρπάζοντας ό,τι βρουν «αρπάζουσι εν φόρεμα, τίνος εν εργαλείον της γεωργικής, τίνος εν στολίδι της γυναικός του, και φθάνουσι να τους παίρνουσιν έως και τα δοχεία των φαγητών. Από άλλους πάλιν λαμβάνουσι τόσα κιλά σιτάρι ή τόσον κρασί».

Σε καμία περίπτωση, η γνώμη των απλών ανθρώπων, εννοώ χωρίς αξιώματα και υλικό πλούτο, για την εκκλησία δεν ήταν καλή. Ήξεραν ότι είναι οι δυνάστες τους και όχι ο φορέας απελευθέρωσής τους και πόσο μάλλον η θρησκεία το μέσο προς την ελευθερία …«το σημερινόν ελληνικόν ιερατείον εμποδίζει και κρύπτει την οδόν της ελευθερώσεως των ελλήνων, και αύτη εστίν η πρώτη και μεγαλειτέρα αιτία, οπού μέχρι της σήμερον ευρισκόμεθα υπό της οθωμανικής τυραννίας».

Το θράσος και η απληστία όλου του μηχανισμού της ορθόδοξης εκκλησίας και το «μαγαζάκι γωνία», που είναι γι’ αυτήν η θρησκεία, ήταν γνωστό σε όλους τους πνευματικά καλλιεργημένους ανθρώπους της εποχής. Οι πνευματικά καλλιεργημένοι έχουν κυρίως σπουδάσει σε ευρωπαϊκές πόλεις και είναι επηρεασμένοι από τον γαλλικό διαφωτισμό.

Ήδη στη Γαλλία έχει εφαρμοστεί η κατάργηση των προνομίων της καθολικής εκκλησίας και αυτό είναι κάτι που έχει τρομάξει την ανατολική εκκλησία (ορθόδοξη). Έτσι, στα τέλη του 18ου αιώνα έχει αρχίσει από το πατριαρχείο η συστηματική δίωξη όλων των εκδόσεων, επηρεασμένων από τις ιδέες των εκφραστών του γαλλικού διαφωτισμού, με σκοπό την διατήρηση της πνευματικής ύπνωσης, που είχαν επιφέρει στο πληθυσμό μετά από 1.500 χρόνια θρησκευτικού σκοταδισμού. Στόχος του δεν ήταν τα θρησκευτικού περιεχόμενου μόνο βιβλία, αλλά οτιδήποτε μπορεί να κλόνιζε το θεοκρατικό μόρφωμα του εξουσιασμού της.

Εκείνη την εποχή, υπάρχει μια έντονη εκδοτική δραστηριότητα στις ελληνικές παροικίες με μεγαλύτερη αυτή στη Βιέννη. Η ομάδα του Ρήγα Φεραίου εξέδιδε στη Βιέννη την εφημερίδα «Εφημερίς», που θεωρείται και η πρώτη ελληνική εφημερίδα, περιέχοντας απελευθερωτική προπαγάνδα καθώς και ειδήσεις, διεθνείς και τοπικές (Βαλκάνια).

Αυτό δε πέρασε απαρατήρητο από το πατριαρχείο που ξεκίνησε ένα κυνηγητό προς την ομάδα του Ρήγα, σε συνεργασία πάντα με τις αυστριακές αρχές, που κάθε άλλο πάρα θετική έβλεπαν την ιδέα δημιουργίας ενός ελληνικού κρατιδίου. Αυτό κατέληξε στη σύλληψη, το βασανισμό και τελικά στη δολοφονία όλων των μελών της ομάδας του Ρήγα. Η εκδικητικότητα του πατριαρχείου, όμως, φαίνεται και στο «ανάθεμα» που εξαπέλυσε στο Ρήγα ένα χρόνο μετά (!!) τη δολοφονία του.

Αφού η η εκκλησία επιδόθηκε σε καύσεις βιβλίων και συγγραμμάτων το επόμενο διάστημα, επίσημη πρακτική της ορθόδοξης εκκλησίας από τα πρώτα χρόνια ύπαρξής της και φυσικά συνεχίστηκε για πολλούς αιώνες, όντας μέσα σε πανικό, άρχισε να αφορίζει τους άπαντες πολέμιους του οθωμανικού κράτους και της εξουσίας της. Αφόρισε τους Σουλιώτες που ήταν σε πόλεμο με το Αλή Πασά και τους Αρματωλούς που απειλούσαν τα συμφέροντα των κοτζαμπάσηδων.

Το πατριαρχείο με μια «Απανταχούσα» προσπάθησε αργότερα, σε ένα κατά τα άλλα αντιφατικό κείμενο, να συγκεντρώσει όλες τις εκδοτικές προσπάθειες στη Κωνσταντινούπολη με σκοπό όχι φυσικά το καλύτερο συντονισμό τους, αλλά τον έλεγχό τους.

Επανερχόμενοι στο πώς αντιλαμβάνονταν οι ραγιάδες τον αντιαπελευθερωτικό ρόλο του πατριαρχείου, που μαζί με τους βάρβαρους προεστούς, διακηρύττουν «Πού να εύρωμεν ένα άλλον βασιλέα τόσον εύσπλαγχνον, και τόσον καλόν; Τί είναι αυτή η ελευθερία; Η ελευθερία ούτε εστάθη, ούτε θέλει σταθή. Πού να χύσωμεν τόσον αίμα!» είναι «ανάξιοι εις το να ωφελήσουν την πατρίδα, και πόσον επιτήδειοι εις το να την ζημιώσουν;»